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進藤光，一個就讀小學六年級的普通少年。某日跟他的青梅竹馬藤崎明一起在爺爺家倉庫挖寶時，發現了一個古老的棋盤。就在此時，一個古老的靈魂從棋盤出現，附到了阿光的身上。這個靈魂名為藤原佐為，是平安時代的棋士，因為棋藝尚未達到神乎其技的境界，心有遺憾才會附身在棋盤之上。要讓佐為離開阿光的身邊，只有不斷的下棋，讓佐為達到神乎其技的境界才行。為了自己著想，阿光心不甘情不願的開始了他的圍棋之路。
在因緣際會的情況下，阿光遇到當今名人之子塔矢亮，並藉由佐為之力贏了他。輸棋之後的塔矢亮一直以打倒阿光為目標，也激起了阿光增強自己棋藝的決心。為了增強棋藝，阿光國中加入了圍棋社，而為了與他對奕，塔矢亮也加入海王國中的圍棋社，然而當兩人再度交鋒時，塔矢卻對阿光本身的實力大失所望。失望的塔矢亮，轉向職業棋士發展，而為了追上他，阿光也申請進入了日本棋院，並在佐為和友人的幫助下，棋藝日進千里，最後終於成為了職業棋士。
阿光成為棋士後不久，塔矢名人就因疲勞過度病倒，前去探病的阿光趁機代佐為向名人提出了網路圍棋的邀戰。雙方對奕許久之後，由佐為獲得勝利，而背負宿命達成的佐為，也在不久後消失。使得阿光意氣消沉，幸好棋院朋友伊角出現，才讓阿光在自己的棋路中找到了佐為。
重回棋壇的阿光，一路勢如破竹，擊敗了許多強手。此時剛好舉辦中日韓Jr戰「北斗盃」，阿光在預賽中取得參賽資格，卻聽聞韓國棋士高永夏對本因坊秀策出言不遜，使得阿光怒從心起，決意打敗高永夏…
