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在變節的絕地武士杜酷伯爵的策動之下，幾千個太陽星系決定脫離銀河系共和國，分離份子包圍了數百個星球，力量強大的企業聯盟向銀河系擺出威脅的姿態，火力之強悍，連絕地武士也難以招架。各地的騷動都源起於醞釀已久的神秘原力，導致即將開始的複製人戰爭，也是銀河共和國開始踏上滅亡之路。
銀河系共和國的聯合議會決定組成臨時軍隊，出兵攻打分離主義份子，而其中一名議員，也就是那卜星球前任女王艾米達拉（娜塔莉波曼飾），極力反對「以暴制暴」的策略，但並不是每個人都同意艾米達拉維護和平的決心，因此艾米達拉數次遭到刺殺。
絕地武士歐比王（伊恩麥奎格飾）派出他的徒弟天行者安納金（海登克理斯坦森飾），負責保謢艾米達拉的安全。在《星際大戰首部曲：威脅潛伏》還是十來歲小男孩的安納金，此時已長成英俊挺拔的少年。
當這個年輕人護送艾米達拉退到宛如世外桃源的安全避難所時，一種微妙、青澀的情緒開始滋生，這將挑戰艾米達拉一向只以天下為己任的做事態度，以及安納金為成為絕地武士應該恪遵「不得動怒，不得憎恨，不得動情」的誓言。在這動盪不安的迫切時機，他倆意識到他們所做的任何選擇，不只會改變他們的命運，更是整個銀河系共和國的未來。
本片既然是「星際大戰」系列的影片，自然各種特效、機具的設計不容小覷，例如片中安納金和歐比王的高速追逐戰，以每小時幾百哩的速度，追著致命的賞金獵人在科羅森的大街小巷穿梭。這場快如閃電繞奔在科羅森繁忙的交通狀況，及無數高樓大廈的追逐，光光這裡就有超過300個特效。
另外一場在太空中的高速追逐戰，則是『帝國大反擊』在星際間飛馳的著名段落的一個呼應。再一場約翰諾爾的戲，則是位於廣大的Geonosis上，我們的英雄和三隻首次出現在星際大戰的怪獸過招：有公牛形狀的一團濃煙、像獅子的nexu，還有甲殼類生物狀的acklay。
而片中各種乘坐機具的設計則具有創新、流線風格，例如「絕地戰機」--備有天體觀測機器人的戰鬥配備，是由星際大戰迷熟知的『帝國級滅星者戰艦』所衍生出來的，而片中其他交通工具還包括安納金的鮮黃高速飛艇、塔土印上有輪子機器人拉著穿越大街小巷的、像黃包車一樣的車子。
