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飛行石乃天空之城－－拉普達王位繼承人的證物。持有這塊飛行石的少女－－希達，在軍隊、特務機關及海盜的追趕下，四處逃亡。雖然希達一度在巴儒的幫助下，逃過這些人的魔掌，但是最後還是被抓到軍隊的基地去。
在基地中遭軟禁的希達，無意間喃喃唸出祖母教她的咒語時，一個被保管在基地的機器兵忽然開始復甦。為了保護希達，機器兵大發威力。另一方面，巴儒則獲得了海盜朵拉一家的協助，前往基地救希達。雖然巴儒成功地救出了希達，但是在一片騷亂中，希達遺失了飛行石……。
