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傳說中的魔人D．S在打破「破壞神」安斯拉沙古司的野心之後，成為主宰。
在破壞神復活的前夕，聚集的邪神群，將大地燒成焦土，並引發巨大洪水。數百萬的人類與亞人類在恐怖的哀嗥聲中死去。伊洛貝亞的十先知為防止人類滅亡，將殘餘的人類強制轉移至巨大的亞諾方舟上。
在人類最後的城堡－亞諾方舟上，趁亂而入的邪神群持續破壞著，而拉茲也以幼龍的姿態等待復元。如今…破壞神安斯拉沙古司與魔人D．S，正為了人類的存續與未來，展開一場默示錄的戰鬥……
