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木葉忍者村召到神祕的忍者集團偷襲！因為村子的危機而到處奔馳的鳴人，遇到流浪的醫生．神農。這時候神農的徒弟阿瑪爾因為自己的村子被某人攻擊，而前來求援。鳴人等人依照綱手的命令前往阿瑪爾的村子。另一方面，接到大蛇丸之密令的佐助，也前往了同一個地方！他到底是敵人還是盟友？神祕的忍者集團又有什麼目的？劇場版「疾風傳」的第二部作品在此登場！
