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在久遠前的天地大戰的最後，有兩名巫女──「日之巫女」與「月之巫女」封印了邪神大蛇。而今，事關永遠的封印，神話的惡夢又將再度甦醒！世界的命運便託付在擁有巫女証明的來栖川姬子、姬宮千歌音，以及大神相馬這三個人身上，他們將成為世界毀滅的最後關鍵。在奪去日之巫女的純潔後……月之巫女姬宮千歌音陸續將大蛇眾納為部下。然後，在兩位巫女受到輪迴宿命的指引下，使得劍神天叢雲劍降臨！姬子與千歌音在動畫中所無法描繪的真正故事，將在漫畫中邁入完結篇!!
