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一座懸空在天上的城市──天空之城，由早已絕跡地球的神秘族類所創建。傳說那裡藏著大量的寶藏及財富，因而引來以杜娜為首的海盜誓死爭奪。同時，軍方也亟欲尋找城中是否存在著支配整個地球的神秘力量…兩幫人馬於是對握有神秘「飛行石」的女孩．希達展開追逐行動。正當希達置身危急時刻，突然被少年．巴魯所救，兩人一見如故，共同展開了一段驚險的旅程……
