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二○五四年日本因為時間戰爭而成了混淆在過去與未來， 被瓜分成群雄割據的島國。 大正二二年，男主角正一搭乘由長崎出港的調查船遭到鎧甲武士組成 的水軍的襲擊。特務咆哮艦的前進道路上陸續出現土偶軍團、巨人， 被特務咆哮艦所救的正一捲入一場超越戰士和時代的戰役！
